Sydney Bristow, młoda, wysportowana studentka, zostaje zwerbowana do SD-6, tajnego oddziału CIA. Po kilku latach pracy dla SD-6, Sydney postanawia opowiedzieć o tym swojemu narzeczonemu. Niedługo po tym jej chłopak ginie, zamordowany przez pracodawcę Bristow. Sydney zdaje sobie sprawę, że SD-6 to nie tajna jednostka CIA, ale międzynarodowa organizacja, mająca na celu przejęcie władzy nad światem. Od tej chwili Sydney, jako podwójny agent, współpracuje z CIA w celu zniszczenia SD-6. Po drodze do celu kobieta walczy z wieloma wrogimi agentami, organizacjami terrorystycznymi i zdrajcami, musząc bezustannie ukrywać swoje prawdziwe zajęcie przed przyjaciółmi.