W opuszczonej placówce Pradawnych na Antarktydzie naukowcy odnajdują miejsce, w którym znajduje się zaginione przed laty miasto Pradawnych – Atlantyda. Bohaterowie wyruszają przez Gwiezdne wrota w nieznane. Na miejscu odnajdują opuszczone miasto w doskonałym stanie. Badając je odkrywają, że jest ono zanurzone pod wodą, a przed zalaniem chroni je pole siłowe. Jednak miasto powoli traci energię, a pole zaczyna zanikać. Szukając innych źródeł energii drużyna napotyka nowego wroga – żywiących się ludzką energią życiową Wraith.